1;Департамент організації роботи Служби
2;Департамент охорони державної таємниці, технічного та криптографічного захисту інформації
3;Департамент матеріального забезпечення та розвитку інфраструктури 
4;Департамент кадрової політики та роботи з персоналом
5;Департамент фінансування, бухгалтерського обліку та звітності
6;Департамент внутрішнього аудиту 
7;Департамент моніторингу доходів та обліково-звітних систем
8;Департамент обслуговування платників 
9;Департамент інформаційних технологій
10;Регуляторно-правовий департамент
11;Департамент адміністративного оскарження та судового супроводження
12;Департамент податків і зборів з юридичних осіб
13;Департамент податків і зборів з фізичних осіб
14;Департамент аудиту
15;Департамент методологічної та нормотворчої роботи
16;Департамент боротьби з відмиванням доходів, одержаних злочинним шляхом
17;Департамент погашення боргу 
18;Департамент організації митного контролю та оформлення
19;Департамент адміністрування  митних платежів та митно-тарифного регулювання
20;Департамент організації протидії митним правопорушенням та міжнародної взаємодії
21;Головне оперативне управління
22;Головне управління внутрішньої безпеки 
23;Головне слідче управління фінансових розслідувань
24;Департамент таргетингу та управління митними ризиками
25;Департамент з питань запобігання та виявлення корупції
26;Департамент стратегічного розвитку та міжнародного співробітництва
27;Департамент комунікацій
28;Управління закупівель