№;Назва структурного підрозділу;Штатна численність
1;Керівництво ;4
;Начальник;1
;Заступник начальника;1
;Заступник начальника – начальник митного поста «Херсон-Центральний»;
;;1
;Заступник начальника – начальник митного поста «Херсон-порт»;1
2;Відділ організації роботи;7
3;Сектор охорони державної таємниці, технічного та криптографічного захисту інформації;2
4;Управління матеріального забезпечення та розвитку інфраструктури;
;;12
;Відділ матеріально - технічного забезпечення, зв’язку та експлуатації майна;5
;Відділ складського обліку вилученого майна та розпорядження ним;4
;Сектор технічних систем митного контролю;2
5;Відділ по роботі з персоналом;7
6;Відділ фінансування, бухгалтерського обліку та звітності;9
7;Сектор митної статистики;2
8;Спеціаліст з розгляду звернень та забезпечення доступу до публічної інформації ;1
9;Сектор інформаційних технологій;2
10;Юридичний відділ;6
11;Управління організації митного контролю та оформлення;12
;Відділ організації митного контролю;5
;Відділ контролю за переміщенням товарів, контролю за переміщенням товарів військового призначення та подвійного використання;4
;Сектор захисту прав інтелектуальної власності;2
12;Відділ адміністрування митних платежів та митно – тарифного регулювання ;10
;Сектор класифікації товарів, контролю митної вартості;2
13;Управління проти водії митним правопорушенням та міжнародної взаємодії;
;;27
;Відділ інформаційно – аналітичної роботи та моніторингу;4
;Відділ провадження у справах про порушення митних правил;6
;Відділ оперативного реагування;10
;Сектор взаємодії з митними органами іноземних держав;2
;Сектор боротьби з незаконним переміщенням наркотиків і зброї;2
;Сектор кіно логічного забезпечення;2
14;Відділ управління ризиками;5
15;Сектор з питань запобігання та виявлення корупції;3
16;Відділ чергових;9
17;Митний пост «Каховка»;8
18;Митний пост «Скадовськ»;8
19;Митний пост «Херсон-порт»;21
;Відділ митного оформлення  №1;8
;Відділ митного оформлення  №2;13
20;Митний пост «Херсон-центральний»;101
;Відділ митного оформлення  «Олешки» ;13
;Відділ митного оформлення  «Чонгар»;39
;Відділ митного оформлення  «Каланчак»;26
;Відділ митного оформлення  «Чаплинка»;19
;Сектор митного оформлення;4
21;Митний пост «Херсон-аеропорт»;14
;Всього по митниці;270